本所前身為貢寮鄉衛生所，設立於民國40年5月，隸屬鄉公所。民國42年擴建，改隸台北縣衛生局。

由於偏遠地區人才難求，設備簡陋老舊，醫療難以普及。為謀求改善，台大醫學院公共衛生學系故陳拱北教授乃設計藍圖，擬成立一社區醫療保健中心，以為推展社區醫療服務之示範。遂於民國65年7月，選定貢寮鄉澳底漁村設立示範衛生室，為我國偏遠地區基層醫療服務之先驅。

為提昇醫療品質，民國68年2月，再將衛生室增設為社區醫療保健站，主動發掘健康問題，列管追蹤並治療疾病個案。民國72年7月，依據衛生署「加強基層建設-提高農民所得方案-醫療保健計劃」，在保健站原址成立全省第一梯次的群體醫療執業中心，由兩位受過一般科或家庭醫學科訓練之醫師負責醫療保健業務，並由臺大醫院每月輪派一位住院醫師支援，終使基層醫療服務漸上軌道。

為更深入基層醫療服務與提昇居家護理品質，民國72年底於福隆、豐和兩社區成立基層保健中心，使全鄉醫療更為普及。民國76年率先試辦綜合保健業務，提供綜合、連續及整體性的服務，深獲民眾肯定。 隨著資訊時代來臨，為因應醫療保健需求的提昇、擴大社區服務及提昇工作效率，本所於民國79年5月開始發展醫療電腦連線作業，現仍持續運行中。

民國83年8月，為因應日趨繁忙的濱海公路交通狀況，在縣政府的大力支持及地方人士的殷切期望下成立全國唯一群體醫療中心24小時急救站。因房舍老舊不敷所需，經縣府撥款及台電補助部份經費，於澳底另地重建澳底醫療救護中心，於民國98年8月啟用，提供民眾更為舒適健全的醫療環境，運作至今深為民眾所依賴。

民國99年12月25日，配合臺北縣升格為新北市(直轄市)，本所同步更名為【新北市貢寮區衛生所澳底醫療救護中心】，繼續於原址提供本區居民妥善的醫療照護，守護區民們的身心健康。

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